台積電在日本設廠地點熊本縣用水主要仰賴地下水，但當地農田與農民逐漸減少，加上晶片產業進駐預料用水需求將增加，引發當地缺水疑慮。台積電已投入挹注水資源和再生水行動。
日經亞洲（Nikkei Asia）報導，熊本縣和周圍約1000平方公里區域共約100萬人口，用水嚴重仰賴地下水。因為當地土壤來自東方阿蘇山的火山灰，根據日本東海大學榮譽教授市川勉的說法，這種土壤的「水滲透度與天然狀態下的沙相似」。
這也使得當地稻田吸收雨水和耕種用水的速度，是日本其他地方的5到10倍；而這些地下水以平均1年約1公里的速度，緩慢逐漸流向海洋。換句話說，阿蘇山附近降雨形成的地下水要流到熊本市，大約要耗時20年。市川表示：「這在日本是最大一片地區有如此大規模人口飲用相同的地下水，在世界也相當罕見。」
然而自1970年代以來，熊本縣的地下水資源開始銳減，因為更多農田被鋪上水泥、稻田數量下降。因此自2000年代初期，地方政府開始採取行動鼓勵農民回補地下水供應。熊本縣政府也修改其準則，要求用水大戶使用多少水就必須返還多少水。
去年創立的熊本縣地方組織「瀨田稻田入滲協會」便集結約12名稻農，利用冬季幾個月休耕時讓稻田集水，再讓水滲入地下。
不過，台積電近期前來設廠，使得水資源疑慮再起。台積電正在熊本縣打造2座晶片廠，而半導體設廠除了人才和設備問題，另個不常討論到的議題是用水量大。先進晶片廠每天要使用幾千公噸的水，主要用於清洗矽晶圓。
台積電估計，在熊本縣的2座新廠自2028年起每年要消耗約800萬公噸的地下水，相當於熊本地區目前每年地下水供應量約5%。
但除了用水量，市川另指出，地下水的潛在滲水量減少也很可能成為一大課題。因為晶片投資設廠將促成更多新路舖設和更多基礎建設，造成更多農田被水泥覆蓋。市川表示，隨著當地人口持續老化和減少，已有更多農民完全放棄耕作。
台積電對於補注水供應一直表現主動積極。台積電和包括索尼（Sony）等在熊本縣營運的公司，正在資助類似瀨田稻田入滲協會等補注地下水的組織。根據熊本地下水基金會的說法，台積電已承諾每年會填補約200萬公噸的地下水。
此外，台積電熊本廠營運公司JASM（日本先進半導體製造）先前已宣布，計劃將自身用水回收75%；近期並宣布和熊本縣各市鎮當局及一家農業合作社合作，以高於市價收購當地生產稻米來供應員工餐廳，盼藉此促進種稻進而產生更多地下水。
熊本地下水基金會秘書長勝谷仁雄指出，另一項挑戰是讓台灣供應商能參與這些努力。台積電前來設廠，引發日本和台灣供應商跟進熱潮。熊本地下水基金會預估，到了今年底台積電工廠開始運作時，夥伴公司在熊本縣的活動也會開始變多，但勝谷表示，目前尚無台灣供應商和他們接觸。
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